On Brazilian educational policy it is noted that the interface between Special Education with Indigenous Education is being built. Thus, to investigate how this interface is being implemented in the context of Indigenous Schools is of high relevance. So, this paper has as a general objective to analyze the interface between Special Education and Indigenous Education in Brazil, using school enrollment data of 2007-2010‘s school census. The specific objectives resulted in characterizing: (a) the amount of enrollments made by indigenous students with disabilities on indigenous schools; (b) the kinds of disabilities found on indigenous population; (c) the type of education indigenous students with disabilities are enrolled in; and (d) to verify if the indigenous students with disabilities receive specialized educational services. Data were collected through “Microdados do Censo Escolar da Educação Básica”, provided by the Instituto Nacional de Estudos e Pesquisas Educacionais Anísio Teixeira (INEP), referred to the years of 2007, 2008, 2009 and 2010. This study found out there was a significant increase of the number of indigenous students with disabilities enrolled on indigenous schools in Brazil. Regarding specialized educational services, it is emphasized that there was an increase of the number of students with disabilities on indigenous schools, without any kind of special care.Na política educacional brasileira é observado que a interface da Educação Especial com a Educação Indígena está em construção. Portanto, investigar como essa interface vem sendo implementada no contexto das escolas indígenas é de suma relevância. Assim, este trabalho teve por objetivo geral analisar a interface entre a Educação Especial na Educação Escolar Indígena no Brasil por meio de dados de matrículas do censo escolar entre os anos de 2007 – 2010. Os objetivos específicos resultaram em caracterizar: (a) o número de matrículas de alunos indígenas com deficiência nas escolas indígenas; (b) os tipos de deficiências encontradas na população indígena; (c) as modalidade de ensino em que os alunos indígenas com deficiência estão matriculados e (d) verificar se os alunos indígenas com deficiência recebem atendimento educacional especializado. Os dados foram coletados por meio dos Microdados do Censo Escolar da Educação Básica disponibilizados pelo Instituto Nacional de Estudos e Pesquisas Educacionais Anísio Teixeira (INEP) referentes aos anos de 2007, 2008, 2009 e 2010. Este estudo constatou que houve um crescimento significativo do número de alunos indígenas com deficiência matriculados nas escolas indígenas do Brasil. No que se refere ao atendimento educacional especializado, destaca-se que houve aumento do número de matrículas de alunos com deficiência nas escolas indígenas sem qualquer tipo de atendimento. Palavras-chave: Educação Especial; Educação Escolar Indígena; Censo Escolar