A Baía de Guanabara é um estuário tropical que apresenta grande importância histórica, ambiental e econômica. Contudo, por estar localizada na área metropolitana do Rio de Janeiro, ela vem sofrendo com intensos impactos antrópicos ao longo dos anos, o que se reflete na composição de sua ictiofauna. O objetivo desse trabalho foi construir um baseline da fauna de peixes utilizando registros pretéritos (1889 a 2020), de forma a permitir uma maior compreensão da composição e distribuição das espécies ao longo do estuário, além de evidenciar como o esforço de estudos científicos se distribui entre as diferentes famílias encontradas. Para isso, foi realizada uma extensa compilação de dados que envolveu: i) levantamento de artigos científicos que incluiu uma análise cientométrica nos portais Web of Science, Scielo e Scopus; ii) resgate de dados de coletas e monitoramento de desembarque realizados pelo Laboratório de Biologia e Tecnologia Pesqueira; iii) consulta de materiais depositados em coleções ictiológicas. Com isso, foram obtidas 219 espécies (203 teleósteos e 16 elasmobrânquios), distribuídas em 149 gêneros (137 teleósteos e 12 elasmobrânquios) e 68 famílias (58 teleósteos e 10 elasmobrânquios). Mesmo que o esforço amostral empregado tenha sido suficiente para representar a ictiofauna do médio e do alto estuários, estima-se que a riqueza da baía seja ainda maior. A distribuição encontrada foi bastante condizente com o esperado para estuários, com maiores valores de riqueza absoluta e densidade de espécies da porção mais externa. Porém, houve quadrantes internos próximos a áreas de reserva ambiental que se destacaram em relação ao seu entorno, corroborando a importância da implementação desse tipo de medida para a conservação da ictiofauna, principalmente por que foram observadas mudanças na composição de espécies ao longo das décadas. Por fim, o levantamento bibliográfico indicou um foco de trabalhos científicos em táxons de importância econômica pesqueira, revelando a necessidade de maior estudo de grupos com risco de extinção, como raias e tubarões.