Um inquérito de base populacional foi conduzido na população urbana de todas as capitais e do Distrito Federal no Brasil para fornecer informações sobre a prevalência de hepatites virais e fatores de risco, entre 2005 e 2009. Este artigo descreve o delineamento e a metodologia do estudo que envolveu a população com idade entre 5 e 19 anos para hepatite A e 10 a 69 anos para hepatite B e C. As entrevistas e amostras de sangue foram obtidas através de visitas domiciliares e a amostra selecionada a partir de uma amostragem estratificada em múltiplos estágios (por conglomerado) com igual probabilidade para cada domínio de estudo (região e faixa etária). Nacionalmente, 19.280 residências e ~31.000 indivíduos foram selecionados. O tamanho da amostra foi suficiente para detectar uma prevalência em torno de 0,1% e para avaliar os fatores de risco por região. A metodologia apresentou-se viável para distinguir entre diferentes padrões epidemiológicos da hepatite A, B e C. Estes dados serão de valia para a avaliação das políticas de vacinação e para o desenho de estratégias de controle.Ministério da Saúde do Brasil e Organização Pan-Americana da Saúde. Os autores foram parcialmente apoiados pelo Conselho Nacional de Pesquisa (CNPq; bolsa 307963 / 2004-7 para CMTM e 300917 / 2006-6 para RAAX e 303049 / 2007-3 para o MRAC).A population-based survey to provide information on the prevalence of hepatitis viral infection and the pattern of risk factors was carried out in the urban population of all Brazilian state capitals and the Federal District, between 2005 and 2009. This paper describes the design and methodology of the study which involved a population aged 5 to 19 for hepatitis A and 10 to 69 for hepatitis B and C. Interviews and blood samples were obtained through household visits. The sample was selected using stratified multi-stage cluster sampling and was drawn with equal probability from each domain of study (region and age-group). Nationwide, 19,280 households and ~31,000 residents were selected. The study is large enough to detect prevalence of viral infection around 0.1% and risk factor assessments within each region. The methodology seems to be a viable way of differentiating between distinct epidemiological patterns of hepatitis A, B and C. These data will be of value for the evaluation of vaccination policies and for the design of control program strategies.