A malária é a endemia de maior prevalência no Estado de Rondônia, respondendo por importante percentual dos casos registrados no país. A ocorrência da doença é de natureza focal, ficando as áreas de alta transmissão localizadas nas regiões Norte, Noroeste e parte da região central do estado. A maior epidemia de malária registrada no estado data de 1988, quando foram contabilizadas 278.268 casos/lâminas positivas, correspondendo a 49,7% da casuística nacional, observando-se a partir desse ano, uma tendência de redução de casos, que se manteve até o ano 2000. Em 2001, a tendência se modificou, passando a ocorrer incremento de casos de malária, mantido até 2004, último ano do estudo. A mudança na tendência da malária, coincidiu com a implantação, em 2001, do processo de descentralização das ações de epidemiologia e controle de doenças, encarado como um dos principais fatores que contribuíram para o quadro de malária configurado no estado a partir desse ano. Essa situação gerou o desenvolvimento do presente estudo, que tem por objetivo descrever e analisar o comportamento da malária em Rondônia, no período de 1995 a 2004, sob a luz dos processos de descentralização das ações de epidemiologia e controle de doenças e de ocupação territorial, na perspectiva de contribuir para um melhor entendimento sobre o incremento de casos ocorridos a partir do final de 2001. O estudo aborda o comportamento da malária no período; o processo de ocupação territorial; a certificação e a infra-estrutura do estado e municípios para a gestão do controle da malária; além de uma análise da dinâmica de transmissão através de estudo de casos em cinco municípios selecionados. Embora o estudo não responsabilize isoladamente a descentralização pela situação de malária encontrada em Rondônia a partir de 2001, tendo em vista que paralelamente outros fatores estavam ocorrendo no estado, interferindo e facilitando a transmissão da malária, apresenta fortes indícios que sugerem sua contribuição de forma significativa para acentuar dificuldades que já vinham sendo assinaladas, relacionadas principalmente a gestão e ao financiamento do controle da malária.The malaria is the endemic disease of bigger prevalence in the State of Rondônia, answering for important percentage of the cases registered in the country. The occurrence of the illness is of focal nature, being the area of high transmission located in the regions North, the Northwest and part of the central region of the state. The biggest epidemic registered in the state occurred in 1988, when 278.268 positive blades had been entered, corresponding 49,7% of the national casuistry, observing themselves from now on, a trend of reduction of cases, that if kept until year 2000. From 2001, the trend if modified, starting to occur increment of cases of malaria, kept up to 2004, last year of the study. The change in the trend of the malaria coincides with the implantation, in 2001, of the process of decentralization of the actions of epidemiology and control of illnesses, faced as one of the main factors that had contributed for the picture of malaria recently configured. This situation generated the development of the present study, that has for objective to describe and to analyze the behavior of the malaria in Rondônia, in the period of 1995 the 2004, under the light of the processes of decentralization of the actions of epidemiology and control of illnesses and territorial occupation, in the perspective to contribute for one better agreement on the increment of cases occurred from the 2001 end. The study it approaches the behavior of the malaria in the period; the process of territorial occupation; the certification and the infrastructure of the state and cities for the management of the control of the malaria; they alem of an analysis of the dynamics of transmission through studies of cases in five selected cities. Although the study it separately does not make responsible the decentralization for the situation of malaria configured in Rondônia from 2001, in view of that parallel other factors they were occurring in the state, intervening and facilitating the transmission of the malaria, presents forts indications that suggest its contribution of significant form to accent difficulties that already came being designated, related the management mainly and to the financing of the control of the malaria.