O presente artigo objetiva discutir, através da ideologia vigente entre os integrantes da Escola de Medicina da Bahia, como estes vão tratar a questão da loucura e da criminalidade frente aos novos paradigmas científicos do Século XIX e de como estes vão ser responsáveis pela concepção dos estereótipos que vão incindir sobre negros, mestiços e adeptos das religiões afrobrasileiras. Também analisaremos, através daquela que se tornou a publicação científica mais importante da época - Gazeta Médica da Bahia - , como os ideais e valores de uma classe em emergência eram difundidos com vistas à manutenção de um ideal – o fim da miscigenação.This article is aimed at discussing the prevalent ideology among the members of the School of Medicine of Bahia, how they would address the issue of madness and crime facing the new scientific paradigms of the 19th century and how they would be responsible for the design of the stereotypes on blacks, half breed and followers of Afro-Brazilian religions. We will also look through that which has become the most important scientific publication by that time – The Medical Gazette of Bahia (Gazeta Médica da Bahia) - how the ideals and values of an emerging class were disseminated with a view to maintaining an ideal - the end of the miscegenation.