Poucos estudos avaliaram a frequência de erros cometidos pelos profissionais de saúde em pacientes pediátrica em comparação com estudos em adultos. A conciliação medicamentosa é considerada uma solução para prevenir erros de medicação no cuidado do paciente. O objetivo deste estudo foi avaliar o processo de conciliação medicamentosa na admissão hospitalar e na transferência interna de pacientes pediátricos em um hospital público especializado no Rio de Janeiro. Foi realizado um estudo observacional prospectivo, com busca ativa de discrepâncias medicamentosas utilizando diferentes fontes de dados. Foram identificadas 137 discrepâncias na admissão hospitalar com 210 medicamentos em 38 (92,7%) dos 41 participantes do estudo, das quais 39 (28,5%) foram discrepâncias não intencionais, dentre as quais 25 (64,1%) foram erros por omissão. Na transferência interna foram identificadas 31 discrepâncias com 69 medicamentos em sete (87,5%) dos oito participantes, das quais 17 (54,8%) foram discrepâncias não intencionais e destas a maior parte 6 (35,5%) foram de erro por omissão. A quantidade de medicamentos em uso pelo paciente foi um fator de risco para a ocorrência discrepâncias no momento da admissão hospitalar, com risco relativo (RR) de 1,27 (intervalo de confiança 95%, IC = 1,03-1,57). O processo proposto e os instrumentos adaptados para contexto de hospitais brasileiros podem ser utilizados em outros serviços. Os formulários de conciliação medicamentosa quando disponibilizados em prontuários fornecem informações sobre os medicamentos em uso para todos os envolvidos no cuidado do paciente. Farmacêuticos atuando na conciliação medicamentosa identificam e ajudam a previr mais discrepâncias e erros de medicação e fornecem evidências clínicas para a equipe médica que permitem aumentar a segurança do paciente. A conciliação medicamentosa dos pacientes com maior número de medicamentos deve ser priorizada em serviços com poucos recursos humanos.Few studies have evaluated the frequency of errors made by health professionals in the pediatric patients compared to studies in adults. Medication reconciliation is considered a solution to prevent medication errors in patient care. The objective of this study was to evaluate the medication reconciliation process at admission and internal transfer of pediatric patients in a specialized public hospital in Rio de Janeiro. A prospective observational study, with active search for medication discrepancies using different data sources was conducted. We identified 137 discrepancies in the admission of 210 drugs in 38 (92.7 %) of the 41 study participants, of which 39 (28.5 %) were unintentional discrepancies, among which 25 (64.1 %) were error by omission. In internal transfer were identified 31 discrepancies with 69 drugs in seven (87.5%) of the eight participants, of which 17 (54.8 %) were unintentional discrepancies and these most 6 (35.5 %) were error by omission. The amount of drugs taken by the patient was a risk factor to the occurrence discrepancies at hospital admission, with relative risk (RR) of 1.27 (95% confidence interval, CI = 1.03 to 1.57). The proposed process and adapted instruments for Brazilian hospitals may be used in other services. The forms of medication reconciliation when available in medical charge provide information about drugs for everyone involved in patient care. Pharmacists working in medication conciliation identify and help provides more discrepancies and medication errors and provide evidence for the medical staff which help increase patient safety. Medication reconciliation of patients with more drugs should be prioritized in services with few human resources.