A avaliação de cursos e o acompanhamento de egressos são temas muito explorados e controversos na literatura sobre educação. Para o mestrado profissional, introduzido desde o final da década de 1990 no país, aumenta o desafio a ser enfrentado por uma instituição secular no campo da ciência e tecnologia como a Fiocruz, que o incorporou a partir de 2001. Com este estudo se desenvolveu uma proposta de instrumento para acompanhamento de egressos e avaliação dos cursos de mestrado profissional dessa instituição. Para isso, analisaram-se, criticamente, três questionários de uso consagrado na instituição, para desenvolver um instrumento único para essas finalidades. A abordagem analítica foi a comparativa. À análise individualizada de cada instrumento, em seu contexto e finalidade, seguiu-se a análise do conteúdo de cada questionário, sendo as perguntas desagregadas e reestruturadas, vindo a constituir novos blocos organizados por classificação temática. Comprovaram-se os pontos falhos dos questionários analisados, tanto no que concerne à sua forma, quanto ao conteúdo. Adaptaram-se os pontos positivos na elaboração de questões para compor o instrumento, cujos elementos centrais são passíveis de utilização em outros contextos educativos similares.The evaluation of courses and monitoring of released prisoners are topics explored and very controversial in the literature on education. For the professional master's degree, introduced since the late 1990's in the country, increases the challenge to be faced by a secular institution in the field of science and technology as Fiocruz, which incorporated since 2001. This study has developed a draft instrument for monitoring and evaluation of graduates of master's work of this institution. For this, we analyzed critically, three questionnaires sacred in the institution, to develop a unique instrument for these purposes. The analytical approach was comparative. In the individual analysis of each instrument in its context and purpose, followed by the content analysis of each questionnaire, the questions being unbundled and restructured, thus building new blocks organized by subject classification. Shown are the weak points of the questionnaires analyzed, both as regards its form, as to the content. Adapted to the strengths in preparing questions to compose the instrument, whose central elements are acceptable for use in other educational settings alike.