Vantagens e limitações das ontologias formais na área biomédica

Strengths and limitations of formal ontologies in the biomedical domain

dc.creatorSchulz, Stefan
dc.creatorStenzhorn, Holger
dc.creatorBoeker, Martin
dc.creatorSmith, Barry
dc.date2017-01-30T10:57:29Z
dc.date2017-01-30T10:57:29Z
dc.date2009
dc.date.accessioned2023-09-26T22:59:03Z
dc.date.available2023-09-26T22:59:03Z
dc.identifierSCHULZ, Stefan et al. Vantagens e limitações das ontologias formais na área biomédica. RECIIS - Revista Eletrônica de Comunicação, Informação e Inovação em Saúde, Rio de Janeiro, v. 3, n. 1, p. 33-48, mar. 2009.
dc.identifier1981-6278
dc.identifierhttps://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/17457
dc.identifier10.3395/reciis.v3i1.241pt
dc.identifier1981-6278 
dc.identifier.urihttps://repositorioslatinoamericanos.uchile.cl/handle/2250/8885508
dc.descriptionPropomos uma tipologia dos artefatos de representação para as áreas de saúde e ciências biológicas, e a associação dessa tipologia com diferentes tipos de ontologia formal e lógica, chegando a conclusões quanto aos pontos fortes e limitações da ontologia de diferentes tipos de recursos lógicos, enquanto mantemos o foco na lógica descritiva. Consideramos quatro tipos de representação de área: (i) representação léxico-semântica, (ii) representação de tipos de entidades, (iii) representação de conhecimento prévio, e (iv) representação de indivíduos. Defendemos uma clara distinção entre os quatro tipos de representação, de forma a oferecer uma base mais racional para o uso das ontologias e artefatos relacionados no avanço da integração de dados e interoperabilidade de sistemas de raciocínio associados. Destacamos que apenas uma pequena porção de fatos cientificamente relevantes em áreas como a biomedicina pode ser adequadamente representada por ontologias formais, quando estas últimas são concebidas como representações de tipos de entidades. Particularmente, a tentativa de codificar conhecimento padrão ou probabilístico pela utilização de ontologias assim concebidas é fadada à produção de modelos não intencionais e errôneos.
dc.descriptionWe propose a typology of representational artifacts for health care and life sciences domains and associate this typology with different kinds of formal ontology and logic, drawing conclusions as to the strengths and limitations for ontology in a description logics framework. The four types of domain representation we consider are: (i) lexico-semantic representation, (ii) representation of types of entities, (iii) representation of background knowledge, and (iv) representation of individuals. We advocate a clear distinction between the four kinds of representation in order to provide a more rational basis for the use of ontologies and related artifacts in order to advance integration of data and enhance interoperability of associated reasoning systems. We highlight the fact that only a minor portion of scientifically relevant facts in a domain such as biomedicine can be adequately represented by formal ontologies as long as the latter are conceived as representations of entity types. In particular, we show that the attempt to encode default or probabilistic knowledge using ontologies is prone to produce unintended, erroneous models.
dc.formatapplication/pdf
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dc.languagepor
dc.publisherFundação Oswaldo Cruz. Instituto de Comunicação e Informação Científica e Tecnológica em Saúde.
dc.rightsopen access
dc.subjectOntologia Biomédica
dc.subjectLógica Descritiva
dc.subjectOntologia Formal
dc.subjectRepresentação do Conhecimento
dc.subjectBiomedical Ontology
dc.subjectDescription Logic
dc.subjectFormal Ontology
dc.subjectKnowledge Representation
dc.titleVantagens e limitações das ontologias formais na área biomédica
dc.titleStrengths and limitations of formal ontologies in the biomedical domain
dc.typeArticle


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