INTRODUÇÃO: As neoplasias mieloproliferativas (NMPs), mais especificamente a Policitemia vera (PV), a Trombocitemia essencial (TE) e a Mielofibrose primária (MFP), são um grupo de doenças clonais da medula óssea, compartilham a mutação JAK2V617F, entre outras características. As células estromais mesenquimais (MSCs) fazem parte do microambiente da medula óssea, e as influências mútuas das MSCs e do clone hematopoético são potenciais determinantes do fenótipo de NMP. OBJETIVO: O objetivo do presente trabalho foi investigar a expressão gênica e protéica das células estromais e hematopoéticas na PV, na TE e na MFP, em busca de moléculas que possam ser indicadas como biomarcadores de diagnóstico e prognóstico destas neoplasias. MATERIAL E MÉTODOS: As MSCs foram obtidas da medula óssea e os leucócitos do sangue periférico de pacientes com PV, TE, MFP e de indivíduos saudáveis. Extratos proteicos foram obtidos de MSCs de indivíduos saudáveis e de pacientes com PV e TE. O RNAs de MSCs e de leucócitos periféricos de controles saudáveis e de pacientes com PV, TE e MFP foi extraído pelo método de Trizol. Os RNAs foram convertidos em cDNA para as análises de qPCR e os extratos proteicos foram utilizados para análise por espectrometria de massas. RESULTADOS: A análise do proteoma de PV e TE comparados a controles indicou a maior expressão de VPS26A, CTTN, MAP4, TPD52L2, FAM175B, BAX em amostras de MSCs de PV comparadas a MSCs de indivíduos saudáveis, enquanto a proteína TNC mostrou-se menos expressa na PV. Nas MSCs de TE houve maior expressão de ALDH1A3, PON2 e SCP2; e menor expressão de RAB21 e RANBP1. As análises in silico identificaram genes diferencialmente expressos em MFP quando comparadas a controles, sendo que essas diferenças foram verificadas nas amostras de sangue periférico de um número maior de pacientes, com expressão diferencial significativa dos genes AVEN e CRACD embora a expressão nos leucócitos tenha sido contrária àquela verificada nas MSCs de medula óssea. CONCLUSÕES: Os resultados obtidos indicam a expressão diferencial de algumas moléculas que podem ser potenciais marcadores das diferentes NMPs.Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Brasil (CAPES) – Código de Financiamento 001”. Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq).INTRODUCTION: Myeloproliferative neoplasms (MPNs), more specifically Polycythemia vera (PV), Essential Thrombocythemia (ET) and Primary Myelofibrosis (PMF), are a group of clonal bone marrow diseases that share the JAK2V617F mutation. Mesenchymal stromal cells (MSCs) are part of the bone marrow microenvironment, and the mutual influences of MSCs and the hematopoietic clone are potential determinants of the MPN phenotype. AIM: The objective of the present work was to investigate the gene and protein expression of stromal and hematopoietic cells in PV, ET and PMF, in search of molecules that can be indicated as diagnostic and prognostic biomarkers. MATERIAL AND METHODS: MSCs were obtained from bone marrow and peripheral blood leukocytes from patients with PV, TE, PMF and healthy subjects. Four MSCs samples of each disease, excluding PMF, had their protein extracts isolated by cell lysis, and their RNAs extracted by the Trizol method. RNAs were converted into cDNA for qPCR analysis and protein extracts were used for mass spectrometry analysis. In silico analyses were performed using public transcriptome data in order to select differentially expressed genes in PMF. RESULTS: The proteome analysis of PV and TE compared to controls indicated a higher expression of VPS26A, CTTN, MAP4, TPD52L2, FAM175B, BAX in MSCs samples of PV compared to MSCs from healthy subjects, while the TNC protein was less expressed in the PV. In MSCs from TE, there was higher expression of ALDH1A3, PON2 and SCP2; and lower expression of RAB21 and RANBP1. In silico analyses identified genes differentially expressed in PMF when compared to controls, and these differences were verified in peripheral blood samples from a greater number of patients, with significant differential expression of the AVEN and CRACD genes, although the expression in leukocytes has been contrary to that seen in bone marrow MSCs. CONCLUSIONS: The results obtained indicate the differential expression of some molecules that can be differential potential markers of MPNs.