O Serviço de Saúde Pública do Brasil fornece αPEG-IFN gratuitamente para tratar pacientes infectados pelo HCV. O objetivo principal da terapia com HCV é a eliminação a longo prazo do HCV do sangue para reduzir o risco de complicações e morte associadas ao HCV. A viremia do paciente afeta a duração e a resposta do tratamento, influenciando assim as decisões clínicas. Desenvolvemos um método de alto rendimento para realizar a quantificação da carga do vírus do RNA da hepatite C (HCV) em amostras de plasma para monitorar pacientes em tratamento. O método baseia-se na detecção duplex, em um teste de RT-PCR em tempo real de uma etapa, e foi validado de acordo com as regras estabelecidas pela agência reguladora oficial do Brasil (ANVISA). Esse novo método foi comparado a um kit comercial (Teste Cobas / Taqman HCV v2.0 - Roche), mostrando resultados de carga de vírus com correlação significativa entre eles (p = 0,012) usando painéis comerciais e clínicos. Além disso, foram analisadas 611 amostras de pacientes tratados com interferon alfa peguilado (αPEG-IFN) de diferentes regiões do Brasil. Nosso teste de RT-PCR em tempo real de uma etapa demonstrou bom desempenho na medição da carga viral e no monitoramento do curso do tratamento, com valores aceitáveis ​​de sensibilidade e especificidade.The Brazilian Public Health Service provides freely αPEG-IFN to treat patients infected with HCV. The primary goal of HCV therapy is the long-term elimination of HCV from the blood to reduce the risk of HCV associated complications and death. Patient viremia affects the treatment duration and response, thus influencing clinical decisions. We developed a high-throughput method to perform the quantification of RNA hepatitis C virus (HCV) virus load in plasma samples to monitor patients under treatment. The method is based on a duplex detection, in a one-step real-time RT-PCR assay and it has been validated according to the rules established by the official Brazilian regulatory agency (ANVISA). This new method was compared to a commercial kit (Cobas/Taqman HCV Test v2.0 - Roche), showing virus load results with significant correlation between them (p= 0,012) using commercial and clinical panels. In addition, 611 samples from patients treated with peguilated alfa-interferon (αPEG-IFN) from different regions of Brazil were analyzed. Our one-step real-time RT-PCR assay demonstrated good performance in viral load measurement and in treatment course monitoring, with acceptable sensitivity and specificity values.