Nos dias atuais é crescente a produção de conhecimento científica disponibilizada para a sua utilização pelas políticas públicas, particularmente no que se refere ao controle de endemias transmitidas por vetores. Entretanto, a tradução desse conhecimento em ação nem sempre é possível e a interação entre esses dois campos quase sempre é conflituosa. Esse é um problema ainda pouco estudado no Brasil e direcionou o presente trabalho para analisar a política de controle de endemias transmitidas por vetores no país, com o propósito de compreender como se estabelecem as suas relações com a produção do conhecimento científico, tomando como casos os programas de controle de dengue e filariose. Utilizou-se uma abordagem baseada no modelo de Estrutura de Coalizões de Defesa e na análise da produção e utilização do conhecimento científico. O período de 1990 a 2005 foi referência para a coleta dos dados secundários (documentos e artigos científicos), complementados com entrevistas com gestores e pesquisadores, realizadas no último ano do estudo. Evidenciou-se que essa política se constitui por duas coalizões, a tradicional químico dependente e a ecossistêmica, sendo a primeira dominante, embora a segunda tenha implementado mudanças que se concretizaram apenas no âmbito municipal, onde teve maior espaço político na gestão. O processo de aprendizado político se processou com a utilização do conhecimento científico por meio de suas funções iluminadora e instrumental, e manteve coerência com o processo de disputa das coalizões. As publicações analisadas apresentaram características compatíveis com o sistema de idéias da coalizão dominante e se traduziram nos programas de controle de dengue e filariose, concomitamente ao seu crescimento numérico. Gestores e pesquisadores acharam importante a utilização de conhecimento científico pela política e apontaram as características dos estudos consideradas relevantes e também os obstáculos e estratégias existentes na interação entre esses dois mundos