O objetivo do trabalho foi avaliar a estrutura organizacional da Vice- Diretoria de Qualidade da Unidade Bio-Manguinhos / FIOCRUZ, verificar se está apta ao crescimento institucional, se suporta as diversas atividades desenvolvidas por ela e de acordo com os resultados desenvolvidos no presente trabalho propor uma nova estrutura. Nesse contexto, visando criar subsídio a tomada de decisões, foram propostas ferramentas gerenciais que possam propiciar e, que conseqüentemente permitir uma nova metodologia de trabalho.The objective of this study was to evaluate the organizational structure of Vice Directorate of Quality Unit Bio-Manguinhos / FIOCRUZ, verify is apt to institutional growth, it supports the various activities developed by it and according to the results developed in This paper proposes a new structure. In this context, to create grant decision-making, management tools that have been proposed can provide, and that consequently enable a new methodology work.