O presente artigo trata dos debates científicos travados em torno de uma doença classificada pelos médicos da cidade de São Paulo, no fim do século XIX, como febres paulistas. Elaborou-se uma pequena revisão acerca do papel das febres na nosologia brasileira do período e apresentam-se as idéias então em voga para explicar as febres paulistas, a malária e a febre tifóide, centrando o foco sobre as transformações no campo médico que fizeram com que essas febres deixassem de ser identificadas como formas de malária e passassem a ser classificadas como casos de febre tifóide. Por fim, acompanham-se os debates sobre essa mudança travados na Sociedade de Medicina e Cirurgia de São Paulo, analisando as correntes científicas que pendiam a favor da identificação das febres paulistas com malária e a febre tifóide e o grupo que postulava ser a doença uma entidade nosológica independente.At the close of the nineteenth century, São Paulo physicians were debating a disease they classified as "febres paulistas" (São Paulo fevers). The article presents a brief overview of the role of fevers within Brazilian nosology at that time and describes how science then explained febres paulistas, malaria, and typhoid fever. Changes in the medical field meant febres paulistas were no longer classified as forms of malaria but instead considered cases of typhoid fever. Following the Society's debates surrounding this shift, the article analyzes the scientific lines that tended to identify febres paulistas with malaria or typhoid fever and also the line that believed these fevers were an independent nosological entity.