O presente estudo incluiu 235 cepas, procedentes dos estados de Santa Catarina (SC), Rio de Janeiro (RJ) e Pemambuco (PE). Verificamos que o Hib antes da vacinação predominava em mais de 90 por cento dos casos, sendo os outros tipos sorológicos raros. Após a vacinação, cai o tipo,b, crescem os tipos não b, em meningites, septicemias e infecções respiratórias. Os biotipos I e II foram os mais isolados. Houve variação da sensibilidade aos antimicrobianos testados (ampicilina, amoxicilina-ácido clavulânico, ceftriaxona, rifampicina, cloranfenicol e sulfametoxazol-trimetoprim), sobretudo na associação SMX- TMP cuja resistência dos Hi aumentou de 32,6 por cento para 65,8 por cento entre os dois períodos; enquanto se mantiveram taxas semelhantes de resistência para a ampicilina (17,5 por cento e 15,8 por cento) e a presença de cepas produtoras de p-lactamase; a sensibilidade à amoxicilina-ácido clavulânico e ceftriaxona foi de 100 por cento. Alteração na resistência ao cloranfenicol de 19,4 para 12,5 por cento e da rifampicina de 8,2 para 9,7 por cento.A tipagem sorológica realizada pelo método da SAL, teve bons resultados (96,2 por cento) e a molecular, pela PCR, diferenciou as cepas NT das capsuladas b -.Embora a estrutura populacional dos Hi tenha sido inicialmente descrita como clonal, os resultados obtidos através da técnica de ERIC- PCR, revelaram diversidade genética nas cepas estudadas. As do sorotipo b, revelaram 4 clones com diferentes características epidemiológicas. A diversidade genética foi maior nas Hinb e HiNT. Dos estados estudados, PE teve a mais alta diversidade genética (6 clones em 15 cepas) seguido do RJ (3 clones em 23 cepas) e SC (2 clones em 13 cepas). Concluímos, portanto, que há necessidade do monitoramento das cepas circulantes de Hi no país observando as possíveis alterações na prevalência dos sorotipos atuais e a real estimativa do impacto da vacina contra o Hib atualmente utilizada no Brasil.The bacterial genus Haemophilus is included in the family Pasteurellaceae and the mostimportant specie causing infectious diseases in humans is the Hi. It shows capsularserotypes (a-f) as well as NT strains. A great number of different acute infectious diseasesare caused by this organism, especially affecting the CNS, as well as RD, occurringfrequently in children, especially with the Hib. Since 1988 disease associated with Hib hasbeen vaccine-preventable, by means of the first conjugate vaccine showing great efficacy.The vaccine is composed by the PRP and a carrier protein. However, the Hib is stillconsidered one of the most important human pathogens, which leaded us to developdifferent research lines, with isolates from different source of infections, after theintroduction of the conjugate vaccine against Hib by PNI/MS in 1999. We used in ourstudy 235 Hi isolates, from the brazilian states of Santa Catarina, Rio de Janeiro andPernambuco. Our results, show that the rate of type b infections before vaccination wasmore than 90%, whereas other serological types were rare. After the advent of the vaccine,we observe a decrease of type b and an increase of non-b isolation. Biotypes I and II arestill the most frequently isolated. The antimicrobial susceptibility found against ampicillin,amoxicillin-clavulanate, ceftriaxone, rifampicin, chloranphenicol and TMP-SMX, showed arecent increasing resistance against antibiotics commonly used to treat RD, especiallyamong the ones administrated by oral route, showing a resistance rate from 32.6% to 65.8%between the two periods studied. Ampicillin, showed resistance rates of 17.5% and 15.8%in the two periods studied and the presence of â-lactamase producing strains. Strainsevaluated against amoxicillin/clavulanate and ceftriaxone, were 100% sensible.Chloranphenicol showed a decrease in the resistance rates of the strains isolated during thepost-vaccination period, while rifampicin, showed an increase in the resistance rate from8.2 to 9.7%. The seroaglutination method used for capsular typing, showed good results,however, mutant b capsulated strains (b-), were only detected by the PCR, using specificprimers for the capsule region. The population structure of Hi which has been described asclonal, revealed a great genetic diversity by ERIC-PCR. Therefore we can conclude thatthere is a need of systematic tracking of circulating Hi strains in the country, continuouslywatching possible epidemiological changes and the evaluation of the impact of the vaccineagainst Hib used in Brazil to date.