Em 10 meninas com diagnóstico de baixa estatura idiopática (BEI), realizamos avaliação citogenética após revisão clínica. Dois cariótipos foram anormais: mos 45,X/46,XX; mos 45,X/46,X,der(Xp)/46,X,r(X), e para sua elucidação foram aplicadas técnicas de citogenética molecular e análise de microssatélites, incluindo SHOX CA repeat. Os resultados confirmaram a origem dos cromossomos anômalos e a identificação da haploinsuficiência do gene SHOX. Nos oito casos com cariótipo normal, a pesquisa de mosaicismos crípticos pela técnica FISH através da sonda centromérica (DXZ1) em células de mucosa oral (nuc ish) evidenciou a presença de dois mosaicos verdadeiros (DXZ1x2/DXZ1x1). A revisão clínica da paciente com anomalia estrutural de X e das 2 meninas com mosaicismo detectados pelo nuc ish, mostrou a presença de 3 ou mais sinais clínicos observados na síndrome de Turner (ST). Estes resultados reafirmam a importância da análise citogenética em meninas com diagnóstico de BEI e sinais clínicos da ST. Os resultados do estudo molecular para o gene SHOX confirmam sua relação com estigmas da ST. Sendo normal o cariótipo, a pesquisa de mosaicismos crípticos em outros tecidos deve ser considerada. O diagnóstico mais preciso poderá modificar a conduta terapêutica, como indicação do GH nessas meninas.Ten girls with idiopathic short stature (ISS) were clinically reviewed and cytogenetic analysis performed by GTG-banding. Two abnormal karyotypes were identified: mos 45,X/46,XX and mos 45,X/46,X, der(Xp)/46,X,r(X). In the latter, FISH analysis and microsatellite investigation, including intragenic SHOX CA repeat, confirmed the origin of the abnormal structural chromosomes and revealed haploinsufficiency for the SHOX gene. In the remaining 8 patients with a normal lymphocyte karyotype FISH analysis using an alpha centromeric X probe (DXZ1) in buccal smear cells (nuc ish) revealed two further cases of true X mosaicism (DXZ1x2/DXZ1x1). Clinical review of all four abnormal patients with the exception of patient with mos 45,X/46,XX revealed three or more clinical features commonly present in Turner syndrome (TS). Our results reinforce the importance of cytogenetic investigation in all patients with ISS. The SHOX molecular result sustains its correlation with most clinical signs of TS. In those cases where a normal karyotype was observed, cryptic mosaicism should be excluded. A precise etiologic diagnosis may be relevant for the indication of GH therapy in these girls.