FAPERJ, CNPq, CAPESSporothrix schenckii, an ascomycetous dimorphic organism that for over a century was recognized as the sole agent of sporotrichosis, a subcutaneous mycosis with a worldwide distribution. However, it has been proposed, based on physiologic and molecular aspects, that S. schenckii is a complex of distinct species: Sporothrix brasiliensis, Sporothrix mexicana, Sporothrix globosa, S. schenckii sensu strictu, Sporothrix luriei, and Sporothrix albicans (formerly Sporothrix pallida). Human disease has a broad range of clinical manifestations and can be classified into fixed cutaneous, lymphocutaneous, disseminated cutaneous, and extracutaneous sporotrichosis. The gold standard for the diagnosis of sporotrichosis is the culture; however, serologic, histopathologic and molecular approaches have been recently adopted for the diagnosis of this mycosis. Few molecular methods have been applied to the diagnosis of sporotrichosis to detect S. schenckii DNA from clinical specimens, and to identify Sporothrix spp. in culture. Until now, Sporothrix is the unique clinically relevant dimorphic fungus without an elucidated genome sequence, thus limiting molecular knowledge about the cryptic species of this complex, and the sexual form of all S. schenckii complex species. In this review we shall focus on the current diagnosis of the sporotrichosis, and discuss the current molecular tools applied to the diagnosis and identification of the Sporothrix complex species. This manuscript is part of the series of works presented at the “V International Workshop: Molecular genetic approaches to the study of human pathogenic fungi” (Oaxaca, Mexico, 2012).Sporothrix schenckii, un organismo ascomiceto dimorfo que durante más de un siglo fue reconocido como el único agente de esporotricosis, una micosis subcutánea con una amplia distribución mundial. Sin embargo, se ha propuesto, con base en los aspectos fisiológicos y moleculares, que S. schenckii es un complejo de especies distintas: Sporothrix brasiliensis, Sporothrix mexicana, Sporothrix globosa, S. schenckii sensu stricto, Sporothrix luriei y Sporothrix albicans (antes Sporothrix pallida). La enfermedad humana tiene una gama de manifestaciones clínicas y puede clasificar e cutánea fija, linfocutánea, cutánea diseminad y esporotricosis extracutánea. El estándar de oro para el diagnóstico de esporotricosis es el cultivo del patógeno, sin embargo, los métodos serológicos, histopatológicos y, recientemente, los moleculares se han usado para el diagnóstico de esta micosis Pocos métodos moleculares han sido aplicados para el diagnóstico de la esporotricosis para detectar ADN de S. schenckii a partir de muestras clínicas y para identificar Sporothrix spp. en cultivo. Hasta ahora, Sporothrix es el único hongo dimorfo clínicamente relevante sin una secuencia genómica elucidada, limitando el conocimiento molecular de las especies crípticas de este complejo y la forma sexual de todas las especies del complejo S. schenckii. Esta revisión se centrará en el diagnóstico actual de la esporotricosis con énfasis en las herramientas moleculares vigentes aplicadas tanto al diagnóstico como en la identificación de las especies del complejo Sporothrix. Este artículo científico es parte de la serie de trabajos presentados en el «V International Workshop: Molecular genetic approaches to the study of human pathogenic fungi» (Oaxaca, México, 2012).