O HLA-G é uma molécula imunomoduladora, cuja variação nos sítios das regiões 5’reguladora (5’URR) e 3’não-traduzida (3’UTR) foram associadas a diversas patologias, incluindo doenças inflamatórias. A Doença de Crohn (DC) e a Retocolite Ulcerativa (RCU) são caracterizadas por processos inflamatórios crônicos no trato gastrointestinal, com aumento de TNF e IFN-γ em DC e de IL-10 em RCU. Neste estudo, foram avaliados pacientes com DC e RCU quanto a: (i) frequência de polimorfismos nas regiões 5’URR e 3’UTR do gene HLA-G, região promotora do TNF e IL10 e íntron 1 do IFNG; (ii) influência destes loci na expressão de mRNA de mucosa e proteína no plasma; (iii) avaliação entre a expressão das moléculas em relação ao grau de inflamação de mucosa. O estudo genético foi realizado por sequenciamento de DNA de 71 pacientes com DC, 140 com RCU e 364 indivíduos saudáveis e o estudo de expressão na mucosa por qPCR em 28 pacientes com DC e 69 com RCU. Em RCU, o alelo TNF-863A foi associado ao risco à doença (P=0,025), e a expressão tecidual de TNF foi associada ao grau de inflamação de mucosa em estudos não pareados (P=0,061) e em pareados (P=0,005). Em DC, a presença do alelo IL10-1082A no modelo dominante aumenta em 4x o risco para DC (P=0,014). O microssatélite IFNG+875(CA)n em homozigose está relacionado a proteção a DC e RCU, sendo a expressão de mRNA de IFNG maior nos pacientes com DC (P=0,028), porém a expressão em pacientes heterozigotos é semelhante em ambas doenças. Em relação ao HLAG, 10 sítios da região 5’URR estão associados a proteção à RCU, dos quais o haplótipo -762TT, -716G-G e -689G-G apresentaram menor expressão de HLA-G5 (P=0,036). Nos pacientes com DC foi observado menor frequência do genótipo +2960(14pb)In-In da região 3’UTR (P=0,005). A expressão de mRNA de HLA-G no estudo pareado é maior nas amostras mais inflamadas em DC e RCU. Diferentes variantes genéticas estão associadas ao desenvolvimento do processo inflamatório crônico de mucosa na DC e RCU .HLA-G is an immunomodulatory molecule whose variation in the 5 'regulatory (5'URR) and 3' untranslated (3'UTR) regions have been associated with several pathologies, including inflammatory diseases. Crohn's Disease (CD) and Ulcerative Colitis (UC) are characterized by chronic inflammatory processes in the gastrointestinal tract, with increased TNF and IFN-γ in CD and IL-10 in UC. In this study, patients with CD and UC were evaluated for: (i) polymorphisms frequency in the 5'URR and 3'UTR regions of the HLA-G gene, TNF and IL10 promoter and IFNG intron 1 region; (ii) influence of these loci on mRNA expression and plasma protein levels; (iii) evaluation of the molecules expression in relation to the degree of mucosal inflammation. The genetic study was performed by DNA sequencing of CD 71 patients, 140 with UC and 364 healthy individuals; and the study of mucosal expression by qPCR in 28 CD patients and 69 with UC. In UC, the TNF-863A allele was associated with disease risk (P=0.025), and tissue TNF expression was associated with the degree of mucosal inflammation in non-paired studies (P=0.061) and in paired studies (P=0.005). In CD, the presence of the IL10-1082A allele in the dominant model increases the risk for CD by 4x (P=0.014). The homozygous IFNG+ 875(CA) microsatellite is related to protection against CD and UC, with IFNG mRNA expression being higher in patients with CD (P=0.028), but the expression in heterozygous patients is similar in both diseases. In relation to HLA-G, 10 sites in the 5'URR region are associated with UC protection, of which the haplotype -762T-T, -716G-G and -689G-G presented lower HLA-G5 expression (P=0.036). In patients with CD, a lower frequency of the +2960(14pb)In-In genotype of the 3'UTR region (P=0.005) was observed. The expression of HLA-G mRNA in the paired study is greater in the more inflamed samples in CD and UC. Different genetic variants are associated with the development of chronic inflammatory process of mucosa in CD and UC .