Vários estudos têm sido desenvolvidos nos últimos 20 anos na bacia do Rio Madeira (Amazônia) com o objetivo de diagnosticar a presença de mercúrio em peixes e compreender o ciclo deste elemento no meio ambiente tropical. Neste artigo são discutidas tendências temporais na concentração de Hg e sua relação com a massa corporal de algumas espécies de peixes com diferentes hábitos alimentares, coletadas no Rio Madeira e no reservatório da hidroelétrica de Samuel, no Rio Jamari, Estado de Rondônia. Foi avaliada uma amostragem de peixes de 14 anos (1987 - 2000) com 86 espécies e um total de 1100 espécimes.Over the last 20 years several projects carried on the Madeira River basin in the Amazon produced a great amount data on total Hg concentration in different fish species. In this paper we discuss temporal trends in Hg contamination and its relation to body weight in some of those fishes, showing that even within similar groups, such as carnivorous and non-migratory fish, the interspecies variability in Hg accumulation is considerable.