INTRODUÇÃO: A encefalite é uma síndrome neurológica grave. O termo se refere a um processo inflamatório no parênquima cerebral que pode estar relacionado à autoimunidade ou outras etiologias, mas pode ser devido a uma infecção por agentes virais. Dentre os vírus causadores de encefalites, a família Herpesviridae é a causa mais comum, seguido pelos enterovírus. Os vírus transmitidos por artrópodes (arbovírus) são o terceiro e mais diverso grupo de patógenos com uma importante associação epidemiológica com as encefalites. No Brasil, pouco se conhece a respeito dos agentes causadores de encefalites e outras síndromes neurológicas agudas. Isso se deve, em parte, à dificuldade de se identificar os agentes etiológicos desta doença, devido à dificuldade de acesso ao sistema nervoso central e à baixa viremia nesse compartimento corporal. OBJETIVO: Neste trabalho pretende-se identificar os agentes virais associados a casos de encefalites através de diversos métodos laboratoriais. MATERIAIS E MÉTODOS: Foram realizadas técnicas de diagnóstico molecular (PCR, RT-PCR e qPCR) e sorológico (detecção de IgM vírus específico e antígenos virais) com amostras de LCR e soro de pacientes com suspeitas de encefalites e outras síndromes neurológicas agudas. RESULTADOS: Foram incluídos 43 pacientes internados nos hospitais participantes. Dentre as comorbidades apresentadas pelos pacientes, hipertensão arterial sistêmica foi a mais frequente. Antes dos sintomas neurológicos, 32,5% dos indivíduos referiram a presença de sintomas de infecção viral. Os sintomas virais mais frequentes que antecederam os sintomas neurológicos foram febre (71,4%) e artralgia (50%). Os principais sintomas neurológicos na admissão hospitalar foram confusão mental (32,5%) e sonolência (30,2%). Todos os exames do LCR foram considerados alterados e com aumento de celularidade. Nove pacientes (20,9%) testaram positivo na sorologia antivírus chikungunya (CHIKV) IgM. Através do qPCR Multiplex foi detectado CHIKV em duas amostras de soro e em uma amostra de LCR e todas as amostras tiveram resultado negativo para os vírus Zika e dengue. Na sorologia IgM anti-DENV houve um resultado positivo (3%) e na pesquisa do antígeno NS1 DENV obtivemos dois resultados positivos (6%). O qPCR Neuro 9 detectou três resultados positivos para o vírus Epstein-Barr (7,5%), dois para o adenovírus humano (5%), um para enterovírus (2,5%) e um para o vírus varicela-zoster (2,5%). CONCLUSÕES: Estes resultados sugerem um importante papel do CHIKV como eventual causador de encefalites e contribuem com novas informações sobre a epidemiologia de encefalites no BrasilCoordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Brasil (CAPES). Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado da Bahia (FAPESB). Programa de Excelência Em Pesquisa PROEP/IGM/2020. Instituto Serrapilheira.INTRODUCTION: Encephalitis is a serious neurological syndrome. The term refers to an inflammatory process in the brain parenchyma that may be related to autoimmunity or other etiologies, but may be due to infection with viral agents. Among the viruses that cause encephalitis, the Herpesviridae family is the most common cause, followed by enteroviruses. Arthropod-borne viruses (arboviruses) are the third and most diverse group of pathogens with an important epidemiological association with encephalitis. In Brazil, little is known about the causative agents of encephalitis and other acute neurological syndromes. This is partly due to the difficulty in identifying the etiological agents of this disease, due to the difficulty of access to the central nervous system and the low viremia in this body compartment. OBJECTIVE: The aim of this work is to identify the viral agents associated with cases of encephalitis through different laboratory methods. MATERIALS AND METHODS: Molecular (PCR, RT-PCR and qPCR) and serological (detection of virus-specific IgM and viral antigens) diagnostic techniques were performed with CSF and serum samples from patients with suspected encephalitis and other acute neurological syndromes. RESULTS: 43 patients admitted to participating hospitals were included. Among the comorbidities presented by the patients, systemic arterial hypertension was the most frequent. Before the neurological symptoms, 32.5% of the individuals reported the presence of symptoms of viral infection. The most frequent viral symptoms that preceded the neurological symptoms were fever (71.4%) and arthralgia (50%). The main neurological symptoms at hospital admission were mental confusion (32.5%) and drowsiness (30.2%). All CSF exams were considered altered and with increased cellularity. Nine patients (20.9%) tested positive for chikungunya antivirus (CHIKV) IgM serology. Through qPCR Multiplex, CHIKV was detected in two serum samples and in one CSF sample, and all samples were negative for Zika and dengue viruses. In the anti-DENV IgM serology there was a positive result (3%) and in the search for the NS1 DENV antigen we obtained two positive results (6%). The Neuro 9 qPCR detected three positive results for Epstein-Barr virus (7.5%), two for human adenovirus (5%), one for enterovirus (2.5%) and one for varicella-zoster virus (2 .5%). CONCLUSIONS: These results suggest an important role of CHIKV as an eventual cause of encephalitis and contribute with new information on the epidemiology of encephalitis in Brazil