Este artigo analisa a produção científica brasileira sobre células-tronco publicada entre 2000 e 2013 e indexada na Web of Science (WoS). A pesquisa constitui um estudo bibliométrico, e os resultados revelam o crescimento significativo da produção científica, o predomínio dos artigos e a preferência pelo idioma inglês. Entre as instituições mais produtivas destacam-se a Universidade de São Paulo e a Universidade Federal do Rio de Janeiro. As áreas de hematologia e transplante recebem destaque na classificação temática dessa produção científica, marcada pela interdisciplinaridade. O núcleo dos periódicos revela forte presença dos títulos estrangeiros e indica a difusão internacional da produção científica. A colaboração internacional alcançou o índice de 31,3% e reuniu 56 países parceiros, com destaque para EUA, Alemanha e França. Considera-se que o Brasil tem-se estabelecido como um importante agente nas pesquisas sobre células-tronco e que a produção científica tende a se expandir nos próximos anos e a alcançar maior visibilidade internacional.This article analyzes the Brazilian scientific output in stem cells published from 2000 till 2013 and indexed in the Web of Science (WoS). The research constitutes a bibliometric study and the results show the significant growth of the scientific output, the predominance of articles and the preference for the English language. Among the most productive institutions stand out the Universidade de São Paulo and the Universidade Federal do Rio de Janeiro. The areas hematology and transplantation are highlighted in thematic classification of scientific output marked by the interdisciplinarity. The core of journals reveals strong presence of foreign journals and indicates the international diffusion of scientific output. International collaboration has achieved the index of 31.3% and brought together 56 partner countries, especially USA, Germany and France. It is considered that Brazil has established itself as an important agent in research on stem cells and that scientific output is likely to increase in the coming years and to reach greater international visibility.Este artículo analiza la producción científica brasileña acerca de células madre publicada entre 2000 y 2013 e indexada en la Web of Science (WoS). La investigación constituye un estudio bibliométrico y los resultados muestran el importante crecimiento de la producción científica, el predominio de los artículos y la preferencia por el idioma inglés. Entre las instituciones más productivas están la Universidade de São Paulo y la Universidade Federal do Rio de Janeiro. Las áreas de hematología y trasplante se destacan en la clasificación temática de la producción científica marcada por la interdisciplinariedad. El núcleo de las revistas revela fuerte presencia de títulos extranjeros e indica la difusión internacional de la producción científica. La colaboración internacional ha alcanzado la tasa de 31,3% y reunió 56 países asociados, en especial, Estados Unidos, Alemania y Francia. Se considera que Brasil se ha consolidado como un agente importante en la investigación sobre las células madre y que la producción científica probablemente aumentará en los próximos años y alcanzará una mayor visibilidad internacional.