A Portaria GM/MS nº 176/1999 introduziu o financiamento compartilhado pelas três esferas de governo (União, estados e municípios) para aquisição dos medicamentos da atenção básica. Tal inovação trouxe grandes desafios aos municípios na assunção de suas atribuições inerentes ao processo de descentralização da assistência farmacêutica no âmbito da Política Nacional de Medicamentos (PNM), instituída pela Portaria GM/MS 3916/1998. Este estudo buscou evidenciar os fatores que influenciam a implementação da assistência farmacêutica em três municípios selecionados, de acordo com a percepção de atores identificados como relevantes. O trabalho foi desenhado como uma pesquisa qualitativa, de estratégia metodológica descritiva. Os dados foram obtidos de entrevistas com atores-chave identificados a partir da construção de um modelo lógico. Os resultados encontrados evidenciam que o panorama da assistência farmacêutica nos municípios estudados está muito aquém das diretrizes e prioridades expressas na PNM. De forma geral, os gestores entrevistados diagnosticaram como insuficientes os recursos humanos, financeiros, estruturais e administrativos. Foi apontada a existência de deficiências importantes nos processos que compõem o chamado Ciclo da Assistência Farmacêutica, destacando-se os problemas com a aquisição, armazenamento, dispensação e uso racional de medicamentos. Também foi observada carência de capacitação dos profissionais da equipe de saúde (incluindo farmacêuticos) e de informações aos usuários sobre medicamentos. Além disso, uma importante questão citada em todos os municípios selecionados foram as crescentes demandas judiciais. Desta forma, este estudo recomenda que o gestor estadual aprimore suas ações no intuito de prestar cooperação técnica e financeira aos municípios no desenvolvimento das suas atividades e ações relativas à assistência farmacêutica, as quais envolvem: apoio aos consórcios intermunicipais de saúde; promoção do uso racional de medicamentos junto à população, aos prescritores e aos dispensadores; capacitação de recursos humanos; assessoramento nos processos de aquisição e monitoramento dos impactos da PNM.In 1999, the Brazilian Federal Government introduced the financing shared by all government spheres (federal, state and municipal) as a new strategy to public acquisition of essentials drugs for primary health care. That change brought new challenges to the municipalities in the health descentralization process. This study aimed to indentify the various factors affecting implementation of pharmaceutical services in three municipalities in the state of Rio de Janeiro, Brazil. Data were obtained from semi-structured interviews with key stakeholders defined from a logical model. The results showed a scenario that didn’t achieve yet most of the priorities and directives of the national drug policy. The interviewees complained against the lack of human, financial, physical and material resources. It was pointed out important gaps in the supply chain and rational drug use. There is also a great need in health professional capacitation program (including pharmacists) and information about medicines for health system’ users. Besides, a significant question mentioned was the increasing number of lawsuits of drug supply. This way, this study recommends that state government give enough support to municipal managers concerning to rational drug use, professional qualification and medicine supply