Very few studies have been carried out to exclusively investigate the zooplankton community of Santa Catarina State continental shelf, despite the economic and ecological importance of the area. This coastal region of southern Brazil presents highly relevant oceanographic processes, such as the strong influence of continental inputs, resurgence in the Cabo de Santa Marta Grande and River Plata plume water to the south. Two sampling cruises were carried out, in December 2005 and May 2006, in order to study temporal hydrological variations, and their influence on the biota of the region. Zooplankton samples for analysis were obtained by oblique hauls with Bongo nets at 33 sampling stations arranged in profiles perpendicular to the coast on each cruise. The predominant groups found in the samples were Copepoda, Cladocera, Salpidae and Chaetognatha, which presented higher densities at the stations closer to the coast. In the case of the December 2005 cruise, the salinity and temperature gradients perpendicular to the coast, promoted by the continental inputs to the north of the area and by the upwelling to the south, determined the limits of distribution of Acartia lilljeborgi and Penilia avirostris. However, the temperature and salinity gradients longitudinal to the coast determined on the May 2006 cruise did not explain the species distribution, indicating that biotic forcing mechanisms may have been active in the ecology of the system during this period.A pesar de la importancia económica y ecológica del área todavía no habían sido realizados estudios exclusivamente destinados a la investigación de la comunidad zooplanctónica de la plataformacontinental del Estado de Santa Catarina. Esta región costera del sur de Brasil presenta procesos oceanográficos de alta relevancia, tales como fuerte influencia de aportes continentales, resurgencia en el Cabo de Santa Marta Grande y la pluma de agua del río Plata en el sur. Se efectuaron dos cruceros de muestreo en diciembre 2005 y mayo 2006, para determinar las variaciones temporales de las condiciones hidrológicas y su influencia sobre la biota de la región. En cada crucero se analizaron muestras de zooplancton obtenidas porarrastres oblicuos con redes Bongo en 33 estaciones distribuidas en perfiles perpendiculares a la costa. Los grupos dominantes en las muestras fueron Copepoda, Cladocera, Salpidae y Chaetognatha, presentando mayores densidades en las estaciones más costeras. En el crucero de diciembre de 2005 los gradientes de salinidad y temperatura perpendiculares a la costa, producidos por los aportes continentales al norte y por la resurgencia al sur del área, determinaron los límites de distribución de Acartia lilljeborgi y Penilia avirostris. En el crucero de mayo de 2006 los gradientes de temperatura y salinidad longitudinales a la costa no explicaron la variación en la distribución de las especies, indicando que forzantes bióticos podrían ser predominantes en la ecología del sistema en este período.