El objetivo de este estudio es describir cualitativamente el estado actual de las tecnologías aplicadas al tratamiento de aguas residuales especiales de los rubros del sector manufacturero del país. Para ello se definen dichos sectores mediante la aplicación de la metodología del Proceso Analítico Jerárquico (AHP). Se descubrió que los rubros industriales más críticos para El Salvador en materia de aguas residuales son (en orden de importancia) la Industria Láctea, Industria de Papel y Cartón, la Industria Textil y, finalmente, la Industria de Bebidas. Se elaboró un instrumento el cual, luego de visitas técnicas a las empresas de los rubros anteriores, permitió describir cualitativamente sus tecnologías de tratamiento de aguas residuales. Los resultados muestran que la mayoría de las empresas visitadas siguen los lineamientos de las buenas prácticas de diseño en pre tratamiento, tratamiento primario y secundario, lo cual se ve reflejado en sus eficiencias globales de remoción de DBO y DQO (de hasta 96% y 98%, respectivamente).