El presente estudio tuvo como objetivo evaluar si la presencia de Cryptosporidium parvum es un factor de riesgo de diarrea en alpacas neonatas menores de 15 días de edad, provenientes de diversas unidades alpaqueras del departamento de Cusco. Se empleó el diseño epidemiológico de Caso-Control para establecer si existe una relación causal. Se tomaron 248 y 231 muestras fecales de animales con y sin diarrea, respectivamente, durante la temporada de parición del 2006. Se determinó la presencia de C. parvum mediante le técnica de tinción de Ziehl Neelsen Modificado (ZNM). Los datos se analizaron empleando una regresión logística, que ajustó variables potencialmente confundentes como edad, sexo, raza y lugar de origen de las alpacas. Se encontró un Odds Ratio de 4.3 (I.C. = 2.3-7.9). El estudio demuestra que las alpacas positivas a C. parvum tienen 4.3 veces mayor predisposición a sufrir diarreas en relación a las alpacas con diagnóstico ZNM negativo. Así mismo, se determinó asociación estadística significativa entre animales con infección por el parásito y los que manifiestan cuadros de diarrea (23.4%; n=58) en comparación con el grupo aparentemente sano (8.6%; n=20).