El presente trabajo evaluó en campo el rol del Cryptosporidium parvum como factor de riesgo en la presentación de diarrea neonatal empleando el diseño epidemiológico de Caso-Control en alpacas del departamento de Puno. El muestreo se realizó durante la temporada de parición, entre los meses de febrero y marzo de 2006. Se recolectaron muestras fecales (n=487) de alpacas entre 1 a 15 días de edad procedentes de las localidades de Antacalla, La Raya, Quimsachata y Macusani. Los frotis fecales, fijados previamente en metanol, fueron procesados según la técnica de tinción de Ziehl-Neelsen Modificado. El 39% (130/336) de los animales con diarrea y el 23% (35/151) de las que estaban sin diarrea fueron positivos a la infección por C. parvum. El análisis de regresión logística demostró que no hubo relación estadística significativa entre la presencia de Cryptosporidium y la diarrea neonatal en alpacas (OR: 1.5, IC 95%: 0.9-2.4). Por otro lado, dentro de las demás variables en evaluación se determinó que la localidad de La Raya fue estadísticamente significativa (P = 0.046), representando un factor de riesgo para la presentación de diarrea neonatal (OR: 2.5, IC 95%: 1.1-6.1).