El estudio analiza los distintos proyectos de modernización ocurridos en la Facultad de Medicina de San Fernando, en el contexto de una seria crisis institucional a finales del siglo XX. Para ello, a partir de las categorías de colectivo de pensamiento y estilo de pensamiento propuestos por Ludwick Fleck, se hace un estudio de los procesos socio-históricos relacionados con los distintas iniciativas desplegadas en la más antigua escuela de medicina del Perú. Un análisis de las diferentes iniciativas identificadas nos llevan a la hipótesis de que la crisis de San Fernando, como colectivo académico, se basa en las contradicciones propias de un proyecto institucional inconcluso, que además cíclicamente se manifiesta asincrónico y disfuncional, al complejo y cambiante entorno institucional y cultural de la sociedad peruana. El estudio sistematiza las principales características de los diferentes proyectos de modernización institucional. Luego de un análisis del actual contexto del sector salud peruano, a partir de los procesos identificados, se propone una agenda de desarrollo, orientada a generar un ciclo de acumulación y crecimiento académico, que constituya una etapa de transición de cara a los retos que el siglo XXI plantea a los miembros del colectivo San Fernandino.