Blastocystis sp. es un microorganismo unicelular anaerobio, perteneciente al reino Cromista, frecuentemente encontrado en el tracto intestinal de humanos y animales, cuyo rol patogénico para el hombre sigue siendo controversial. Su tipificación genética, mostrando nueve subtipos, algunos de los cuales parecen tener un papel en casos de sintomatología gastrointestinal, abre un nuevo campo para la investigación. En el presente artículo se hace una extensa revisión que incluye el desarrollo histórico del parásito, su taxonomía, epidemiología, morfología, ciclo vital, así como aspectos bioquímicos, citoquímicos y genéticos, el rol patogénico contrastado con diferentes variables que incluyen los subtipos, cantidad, respuesta al tratamiento y asociación con otros patógenos. Finalmente se revisan los aspectos clínicos y terapéuticos.