Se evaluó la eficacia del cloruro de benzalconio en el tratamiento de la dermatomicosis causada por Trichophyton sp. en el cuy (Cavia cobayo). Se utilizó 200 cuyes de 2 meses de edad que presentaban signos clínicos de dermatomicosis. Los cuyes fueron divididos al azar en dos grupos (A y B) similares. Al grupo A se le aplicó una solución acuosa de cloruro de benzalconio al 0.1% como único tratamiento y en el grupo B se empleó agua como placebo. Previo al tratamiento, se tomaron muestras de pelos y escamas de piel para examen directo y cultivo en los medios Dermatophytes Test Medium (DTM) y Mycobiotic, así como biopsias de piel para estudio histológico. Todas las muestras resultaron positivas a hongos entre el 3º y 7º día, tipificándose la especie Trichophyton mentagrophytes con la ayuda de microcultivos y lectura en agar urea. El 60% de las muestras fueron positivas al examen directo. El estudio histológico mostró hiperqueratosis ligera. El 100% de los cuyes del grupo A mostró curación clínica con crecimiento de pelo al finalizar la 4a semana post-tratamiento. Se concluye que una sola aplicación de cloruro de benzalconio al 0.1% en solución es eficaz para el tratamiento topical de la dermatomicosis causada por Trichophyton mentagrophytes; lográndose una eficacia del 70% en la tercera semana post-tratamiento, sin que cause daño a la piel y sin ser afectada por la presencia de materia orgánica.