RESUMEN Algunos estudios han encontrado que la severidad de la COVID-19 se asocia con una alta carga viral determinada por los números de ciclos (Ct) de amplificación de ADN de SARS-CoV-2. El objetivo fue determinar la relación entre el umbral de ciclos de PCR de SARS-CoV-2 y la severidad de la infección por el virus SARS-COV-2 en pacientes internados y ambulatorios en un hospital de referencia entre marzo a junio del 2021. Estudio retrospectivo observacional analítico de corte trasverso de pacientes adultos con COVID-19, ambulatorios e internados en el Hospital Nacional. Se incluyeron los pacientes cuya infección fue confirmada por RT-PCR para SARS-CoV-2, se consideró un punto de corte para Ct<25. Se estudiaron 517 pacientes entre 16 a 98 años de edad (media ± DE: 51,5±17,5), 268 varones (51,8%), edad >60 años (36,6%), estuvieron hospitalizados (69,8%), internados en sala (57,1%), y admitidos en cuidados intensivos (12,8%), tiempo medio de enfermedad 8,48 ± 4,2 días. La mortalidad fue de 22,2%. Se encontró mayor riesgo de fallecer para los pacientes con Ct <25 tanto para el gen E (OR: 1.61; IC95%: 1,06-2,44) como para el N2 (OR: 1.83; IC95%: 1,19-2,80) y con edad >60 años (OR: 3,69; IC95%: 2,39-5,68). Estos dos factores permanecieron asociados con el óbito en el análisis multivariado. Hubo mayor riesgo de hospitalizarse y fallecer en los pacientes con Ct<25. El valor Ct podría ser útil para la predicción del curso clínico y el pronóstico de los pacientes con COVID-19.