RESUMEN Este trabajo presenta un estudio descriptivo y analítico de la cooperación interregional en materia de ciencia y tecnología entre la Unión Europea y el MERCOSUR. Se realizan dos estudios de casos: la conformación de la Plataforma Biotecsur y las participaciones de Estados Parte en los Programas Marco. El trabajo parte de la hipótesis de que es posible rastrear un interés de la Unión Europea para fomentar el desarrollo de la política científica en el MERCOSUR orientada al desarrollo agrícola, en detrimento de otras potenciales áreas. Lo que se traduce en un fomento a la biotecnología, y desarrollos relacionados con un modelo económico ligado al agronegocios. No obstante, ello, se argumenta que, aún con todos esos recaudos (o alertas), la gestión de la cooperación interregional permitió fortalecer procesos institucionales domésticos y promover una mayor articulación intrarregional que buscó orientar la ciencia hacia metas más cercanas a las realidades nacionales.