RESUMEN Introducción: en las últimas décadas, el agente de elección para el tratamiento de la mayoría de las micosis sistémicas ha sido la anfotericina B que, a pesar de los efectos tóxicos, sigue teniendo un papel importante en el tratamiento de las infecciones micóticas. Objetivo: determinar los efectos adversos asociados al empleo de anfotericina B en neonatos del Servicio de Neonatología del Hospital Nacional de Itauguá, en el periodo 2013 - 2015. Materiales y métodos: estudio de serie de casos, retrospectivo, de recién nacidos con tratamiento con anfotericina B. Resultados: entre 28 recién nacidos tratados con anfotericina B, hubo mayor prevalencia en el sexo masculino. Con respecto a la edad más de la mitad de los recién nacidos fueron pre-término en el grupo estudiado. Hubo predominio de bajo peso al nacer (32,14%). Los factores de riesgo arrojaron que 53,5% no contaba con antecedentes de sepsis. La edad media de inicio de anfotericina fue 19±9 días, más de la mitad de los neonatos utilizó dosis progresiva de 0,5 mg/kp/día a 1 mg/kp/día, en 24 hs.El 96,4% recibió infusión de anfotericina B de 4 horas, 1 caso requirió 6 horas. Entre los efectos secundarios, 35,7% de los pacientes presentó anemia, el disturbio hidroelectrolítico más frecuente fue la hipokalemia, entre los signos se destacaron la taquicardia e hipotensión. Conclusiones: los efectos secundarios más llamativos encontrados durante el tratamiento con anfotericina B fueron la anemia, alteraciones de Sodio y Potasio