Introducción: el virus del papiloma humano se asocia a las neoplasias cervicales y epiteliales anales. Objetivos: determinar la prevalencia de neoplasia intraepitelial anal (NIA) y las características clínicas en mujeres que acuden al consultorio de patología cervical en el Hospital Regional de San Lorenzo. Materiales y Métodos: estudio observacional, descriptivo, prospectivo realizado en 900 mujeres que acudieron al consultorio de patología cervical en el Hospital Regional de San Lorenzo, en los años 2012-2013 mediante colposcopía y citología anal. Resultados: Se encontraron 60 casos (8,5%) de NIA. Las características de las pacientes con NIA fueron: grupo etario predominante 19 a 25 años, 50% de práctica de relaciones sexuales anales, 25% con tabaquismo, inicio de las relaciones sexuales antes de los 16 años (70%), 2 a 4 parejas sexuales (81,6%). El riesgo de NIA en pacientes con hábitos sexuales anales fue significativo: OR 1,91 (IC95% 1,09-3,36) (p 0,01). Conclusiones: la prevalencia de NIA en mujeres fue 8,5%. Se halló asociación significativa con hábito de relaciones sexuales anales.