Se realizaron dos experimentos con el objetivo de seleccionar aislados nativos del biocontrolador con mayores potenciales antagónicos y compatibles con fungicidas curasemillas. En el Experimento 1, se obtuvieron 15 aislados de Trichoderma spp. de muestras de suelo de siete departamentos del Paraguay, los cuales fueron confrontados en cultivo pareado con los fitopatógenos Macrophomina phaseolina y Phytophthora sp., el diseño experimental empleado fue completamente al azar, con arreglo factorial 15x2, con 4 repeticiones. Las variables evaluadas fueron: velocidad de crecimiento micelial y sobreposición de Trichoderma spp. En el Experimento 2, los aislados seleccionados fueron sometidos a antibiograma con los fungicidas curasemillas Carboxin + Thiram, Carbendazim + Thiram, Metiltiofanato + Thiram y Tebuconazole, en un diseño experimental completamente al azar, con arreglo factorial 6x5, con 5 repeticiones. Las variables evaluadas fueron: inhibición del crecimiento micelial y esporulación. Los resultados mostraron que de 15 aislados de Trichoderma spp., 6 presentaron mayor potencial antagónico a los fitopatógenos M. phaseolina y Phytophthora sp.; y el antibiograma reveló diferencias en la compatibilidad de los aislados de Trichoderma spp. con los fungicidas curasemillas. Se concluye que el fungicida curasemilla Carboxin+Thiram es el más compatible con el biocontrolador Trichoderma spp.