Resumen La dermatofitosis es una enfermedad que afecta al estrato córneo de la piel, pelo y uñas de los cuyes, causando un mal aspecto en la carcasa, afectando su comercialización, y generando pérdidas económicas. Se colectaron 189 muestras de cuyes con lesiones dermatológicas en granjas de crianza intensiva; las cuales fueron analizadas mediante cultivo micológico y citopatología en el Laboratorio de Microbiología y Microscopía de la Universidad Científica del Sur. Se halló una frecuencia de dermatofitosis de 18.5 ± 5.5% por cultivo micológico y 43 ± 7.1% por citopatología; según el estrato etario la frecuencia de dermatofitosis fue de 0% / 0% en lactantes, 25.6% / 62% en recría y 4.8% / 6% en reproductores, por cultivo micológico y citopatología, respectivamente. Según la ubicación de la lesión la frecuencia de dermatofitosis fue mayor en las regiones frontal y nasal, con 41.7% / 70% y 28.1% / 67%, por cultivo micológico y citopatología, respectivamente; en cuanto al tipo de instalación, se presentó una frecuencia de 0% / 0% en animales criados en jaulas, y 26.5% / 61% en animales de crianza en poza, por la técnica de cultivo micológico y citopatología, respectivamente. Al evaluar el grado de concordancia entre ambas técnicas se halló un valor de Kappa (K) igual a 0.46, considerada moderada.