Resumen El presente ensayo ofrece una serie de reflexiones metodológicas para la investigación cualitativa en contextos de conflicto. El texto toma como referencia la experiencia de una tesis de licenciatura en Sociología de la Universidad de Costa Rica desarrollada junto al movimiento recuperante del Territorio Indígena de Salitre, localizado en la región sur de Costa Rica. El ensayo trata las implicaciones éticas y metodológicas que conlleva la investigación científica en un territorio marcado por graves disputas territoriales. Se presenta además un esbozo del contexto donde se desarrolló la investigación y algunas reflexiones sobre el quehacer de la sociología frente a los conflictos socioterritoriales.