Resumen Introducción. El deterioro de los recursos hídricos asociados a la actividad antropogénica, ha sido tema central en las cumbres mundiales celebradas en el último cuarto del siglo XX. En los acuerdos ha trascendido la relevancia de evaluar el impacto de la intrusión de contaminantes difusos en cada territorio. Objetivo. Validar la eficiencia del modelo SWAT en la Cuenca Baja del Río Mayo en el Estado de Sonora, México. Materiales y métodos. Se utilizó el modelo SWAT para realizar la simulación hidrológica, para conocer los aportes de contaminación difusa dentro de la Cuenca Baja del Río Mayo en el Estado de Sonora, México. Los datos analizados fueron de precipitación, temperatura, cobertura vegetal, orografía, tipos y usos del suelo. Resultados. Se obtuvo un inventario de agentes de contaminación difusa arrastrada hacia los drenes exorreicos de la cuenca, así como la medición anual y la ubicación georreferenciada, donde destacó el aporte de nitratos y fosfatos como remanentes de la actividad agrícola desarrollada en la cuenca. La información se validó con el coeficiente de eficiencia de Nash-Sutcliffe, con valor de 0,8265 y una R2 de 0,96, lo cual mostró su alta eficiencia. Conclusión. La implementación de mecanismos que monitoreen constantemente los efluentes de los drenes de las cuencas es imperativo dentro del territorio mexicano en procura del cuidado de los cuerpos de aguas nacionales.