Resumen En la periferia urbana de la ciudad de Querétaro, las inundaciones son más frecuentes y peligrosas. El proceso parece acentuarse conforme se altera la estructura y función de las cuencas hidrográficas. El presente trabajo analizó la formación de inundaciones por zonas funcionales en la subcuenca Santa Rosa Jáuregui, Querétaro. Al respecto, se elaboraron zonas funcionales con variables hidrogeológicas en un sistema de información geográfica, se definieron unidades y secciones con análisis hidrogeomorfológico y se recopilaron registros de inundaciones con trabajo hemerográfico. Los resultados señalan que la zona funcional alta tiene una estructura óptima que beneficia cuenca abajo, pero las alteraciones hidrogeomorfológicas en la zona funcional media favorecen la formación de inundaciones en la zona funcional baja, la cual también cuenta con la urbanización de la llanura de inundaciones. A través de zonas funcionales, se determinó que las inundaciones resultan de procesos sistémicos y acumulativos que pueden ser utilizados en la gestión y mitigación de riesgo.