El presente trabajo tuvo como objetivo identificar la variabilidad fenotípica y molecular entre poblaciones de maíz Pinto Amarillo y Liebre en Nuevo León, México. En la caracterización fenotípica se estableció un experimento en primavera 2009. Las variables registradas fueron altura de planta, días a floración masculina y femenina, número de hileras por mazorca, granos por hilera de mazorca, longitud y diámetro de mazorca. Para la caracterización molecular, las treinta poblaciones se sembraron en febrero del 2010 en macetas con peat-moss, después de treinta días se colectaron todas las hojas de la plántula, para la técnica AFLP; se realizó un análisis conglomerados utilizando el método de UPGMA. Se identificaron tres grupos; doce poblaciones de Pinto Amarillo y tres de Liebre agrupando genotipos comunes. Los grupos se asociaron más a la raza de maíz que al lugar de colectas.