Una de las vías más frecuentes de transmisión de algunas enfermedades bacterianas es la ingesta de alimentos contaminados. Actualmente, el uso del horno de microondas para cocinar o calentar alimentos se ha popularizado bastante, debido a la rapidez en el calentamiento que brinda. Sin embargo, es importante evaluar ese efecto térmico en la sobrevivencia de bacterias potencialmente patógenas, que frecuentemente se involucran en brotes de origen alimentario. Se evaluó el efecto de la irradiación con microondas sobre la sobrevivencia de una cantidad conocida de Bacillus cereus, Clostridium perfringens, Salmonella spp. Y Staphylococcus aureus en tres platos de comida popular costarricense. S. aureus resultó más sensible al tratamiento que Salmonella spp.; las cepas esporuladas mostraron una tendencia a aumentar su recuento luego del cocimiento como resultado de una estimulación de la germinación. Se determinó que el grado de destrucción que tienen las microondas sobre los microorganismos depende no sólo del microorganismo inoculado sino también de la composición de alimento.