Los fitoflagelados son un grupo heterogéneo de flagelados autotróficos, heterotróficos y mixotróficos, con importancia ecológica para los niveles tróficos en diferentes ecosistemas. Los fitoflagelados en costas del Pacífico mexicano (y en Latinoamérica en términos generales) son virtualmente desconocidos, sólo se tienen pocos registros. El estudio de los fitoflagelados requiere de métodos complicados de recolección y análisis. Esta es, probablemente, la causa de la escasez de conocimiento de este grupo en áreas tropicales y subtropicales. Material recientemente recolectado a lo largo del Pacífico mexicano sirvió para el estudio de fitoflagelados marinos, incluyendo algunos tóxicos y potencialmente tóxicos. Se usaron muestras de plancton filtradas por gravedad y con bomba de vacío utilizando diferentes métodos de fijación y análisis. Se registran aquellas especies presentes o con posibilidad de estarlo que son potencialmente nocivas para el ecosistema marino pertenecientes a los Phyla Euglenophyta, Heterokontophyta y Haptophyta. Estas especies están distribuidas en el plancton, en aguas oceánicas y costeras