En el presente trabajo se analizó la movilidad de dos familias topológicas: de los dímeros anudados y de los dímeros superenrollados de igual masa molecular, sometidos a electroforesis bidimensional en geles de agarosa en condiciones de alta concentración de agarosa y elevado potencial eléctrico en la segunda dimensión. Los datos experimentales se utilizaron para validar un modelo computacional que simula la electroforesis bidimensional utilizando las ecuaciones de Maxwell - Stefan para el transporte de masa. La ecuación resultante del modelado matemático, una ecuación diferencial parcial hiperbólica no lineal, se aproximó utilizando el esquema de Lax - Friedrich del método de diferencias finitas. Además, se realizaron conjeturas sobre los parámetros de mayor importancia en el fenómeno electroforético, donde se sugiere que la interacción entre la elasticidad y la compactación de las moléculas podría explicar las diferencias en la movilidad electroforética de los topoisómeros estudiados.CONACYT - Consejo Nacional de Ciencia y TecnologíaPROCIENCIA