El objetivo del presente estudio fue comparar el efecto antimicrobiano del gluconato de clorhexidina al 2% con el hipoclorito de sodio al 2,52% como irrigantes en conductos radiculares con necrosis séptica. Se seleccionaron 45 dientes anteriores, superiores e inferiores con diagnóstico clínico de necrosis pulpar séptica con o sin lesión radiográfica periapical. Los dientes se separaron en tres grupos de 15 que fueron irrigados con clorhexidina al 2%, hipoclorito de sodio al 2,52% y suero fisiológico respectivamente. Se uso técnica de cultivo para anaerobios y recuento de colonias antes y después del uso de cada irrigante probado. El análisis de los datos se realizó mediante el uso de los test ANOVA y Newman-Keuls. Los resultados de esta investigación indican que la clorhexidina presentó mayor eficacia en la reducción de unidades formadoras de colonia que el hipoclorito de sodio y el suero fisiológico (p‹0.01). A su vez, el hipoclorito de sodio presentó mayor eficacia que el suero fisiológico (p‹0.01). Estos datos sugieren que la clorhexidina constituye una alternativa valedera para su uso como irrigante endodóntica debido a que posee una potente actividad antimicrobiana con menores efectos adversos que el hipoclorito de sodio.