Las herramientas de edición genética han transformado la manera en que se estudia la función de los genes y proteínas de los sistemas biológicos. Especialmente CRISPR-Cas9 ha tenido un gran apogeo desde su descubrimiento, lo cual ha permitido un avance significativo de los estudios basados en la edición genética debido a la eficacia y relativa facilidad del procedimiento. En el presente trabajo se ha compilado la información actual sobre el uso de CRISPR-Cas9 como herramienta molecular para elucidar la función genética en metazoarios marinos. La eficiencia de esta herramienta demuestra su factibilidad de ser utilizada para describir a detalle aspectos de la biología, fisiología, y ecología de organismos marinos. Se abordan también algunas consideraciones técnicas generales que deben ser tomadas en cuenta para el éxito de esta aproximación.