To the interior of the schools different situations appear problems that affect the suitable Education-Learning process. The desertion is one of those problematic ones that composes the complexity of the educative task and it is like a multi-cause phenomenon that has several edges and perspective of analysis. By such reason the objective that oriented this investigation was: to elaborate a comparative analysis between two schools located in different social contexts: the IED San José de Barranquilla and the Luz Haydee Guerrero of Cali, from which the similarities and differences can be defined that exist in each institution with respect to the abandonment of the scholastic activities on the part of certain students. Therefore a methodologic triangulation took to end that combined techniques of qualitative investigation as the interviews and quantitative like the Questionnaire on scholastic desertion which they threw important results; to a great extent, the desertion in the mentioned establishments was due to a decision that appeals more to the individuality of the students who to problems in the family and of the establishments. Also, it demonstrated a coherence with the found thing in Survey ENDE realised in 2010 by the Ministry of Education, with the obtained thing as a result of the research process. Therefore, to the interior of the I.E. San José de Barranquilla the pregnancies and the search of use, mainly the mototaxismo is one of the causes of scholastic desertion, while in the I.E Luz Haydée Guerrero the demotivation leads the list of factors associated to this phenomenon.Al interior de las escuelas se presentan distintas situaciones problema que afectan el adecuado proceso Enseñanza-Aprendizaje. La deserción es una de esas problemáticas que componen la complejidad del quehacer educativo y se muestra como un fenómeno multicausal que tiene varias aristas y perspectivas de análisis. Por tal motivo el objetivo que orientó esta investigación fue: elaborar un análisis comparativo entre dos escuelas ubicadas en contextos sociales distintos: la IED San José de Barranquilla y la Luz Haydee Guerrero de Cali, a partir del cual se puedan definir las semejanzas y diferencias que existen en cada institución con respecto al abandono de las actividades escolares por parte de ciertos estudiantes. Por lo tanto se llevó a cabo una triangulación metodológica que combinó técnicas de investigación cualitativa como las entrevistas y cuantitativa como el Cuestionario sobre deserción escolar los cuales arrojaron resultados importantes; en gran medida, la deserción en los establecimientos mencionados se debió a una decisión que apela más a la individualidad de los estudiantes que a problemas en el seno de la familia y de los planteles. Asimismo, evidenció una coherencia con lo hallado en la Encuesta ENDE realizada en el año 2010 por el Ministerio de Educación, con lo obtenido a raíz del proceso investigativo. Así pues, al interior de la I.E. San José de Barranquilla los embarazos y la búsqueda de empleo, sobre todo el mototaxismo es una de las causas de deserción escolar, mientras en la I.E Luz Haydee Guerrero la desmotivación lidera la lista de factores asociados a este fenómeno.