El uso de código de barras de ADN es una técnica usada ampliamente para diferenciar la variación intra e interespecífica en especies morfológicamente similares. La tribu Sciurini de ardillas arbóreas es uno de los grupos de roedores más diversificados, sin embargo, existen muchos vacíos filogenéticos que no permiten aclarar su organización. La ardilla roja Sciurus granatensis muestra una gran variedad de colores en su pelaje desde ocre a un negro predominante, lo que genera controversia en el momento de realizar la identificación taxonómica de la especie. El objetivo del presente trabajo fue evaluar la identidad taxonómica en fenotipos de Sciurus granatensis, determinando la divergencia intra e interespecífica con otras especies del género, mediante el uso del gen citocromo oxidasa b. Se recolectaron 12 muestras de tejido de oreja y pelo, el ADN extraído se amplificó mediante PCR convencional; las secuencias obtenidas se compararon con tres secuencias de S. granatensis y 52 de otras especies del género Sciurus descargadas del GenBank, las distancias intraespecífica e interespecífica se calcularon mediante el uso del programa MEGA-X usando el promedio de distancia evolutiva, posteriormente se realizaron análisis filogenéticos de máxima verosimilitud (ML) e inferencia bayesiana (BI) de las secuencias. De este análisis se obtuvo que la distancia intraespecífica entre las secuencias colectadas para el presente estudio muestra una baja divergencia (<1%), al contrastarlas con las secuencias de S. granatensis del GenBank muestra un nivel de divergencia mayor al 7%. La distancia interespecífica muestra a especies clasificadas como diferentes con valores de distancia bajos (S. aurogaster y S. oculatus con 0.4%, S. arizonensis y S. nayaritensis con 0.6%). Se concluye que hay una moderada divergencia entre las secuencias de la especie S. granatensis a nivel regional, lo que sugiere realizar estudios más detallados que permitan dar claridad a la incertidumbre taxonómica.