Uma lagoa lateral a um rio (Lagoa do Coqueiral marginal ao Rio Paranapanema na zona de sua desembocadura na Represa de Jurumirim, São Paulo, Brasil) apresentou segmentação em quatro corpos de água pequenos e isolados entre si quando, durante um período prolongado de seca, ocorreu ruptura da associação entre os dois ambientes. O objetivo deste trabalho foi comparar as modificações temporais na estrutura da comunidade zooplanctônica (abundância total, riqueza e diversidade de espécies) nestes quatro corpos de água. em dois períodos - um, na fase de isolamento do lago em relação ao rio, e outro, na fase de restauração da conectividade hidrológica - foram efetuadas amostragens do zooplâncton e medidas de fatores abióticos. Um efeito de concentração na abundância do zooplâncton foi registrado com o avançar da seca, contudo sem alterações significativas na riqueza e diversidade de espécies. Com o pulso de inundação pelo curso de água, uma redução na densidade total do zooplâncton ocorreu na lagoa por efeito de diluição e um aumento substancial na riqueza e diversidade específica foi registrado. O influxo lateral de água do rio para o ambiente lacustre atua como fator de distúrbio na estrutura da comunidade zooplanctônica, de caráter temporário. A composição em espécies de zooplancton apresentou modificações na comparação entre os dois períodos. A deriva de organismos zooplanctônicos com a entrada de água do rio na lagoa, a remoção de indivíduos associados às macrófitas aquáticas e a eclosão de ovos de espécies em diapausa presentes no sedimento são os possíveis fatores causadores do aumento de riqueza em espécies zooplanctônicas logo após o pulso de inundação lateral pelo curso de água.A river lateral lake (Coqueiral Lake marginal to Paranapanema River in its mouth zone into Jurumirim Reservoir, São Paulo, Brazil) presented fragmentation into four small isolated bodies of water during a prolonged drought period, disrupting the link with the river. The aim of this work was to compare the temporal modifications on zooplankton community structure (total abundance, species richness, and diversity) in the four water bodies. Zooplankton samplings and abiotic factor measurements were made in two periods - during isolation phase of the lake in relation to river and after re-establishment of hydrologic connectivity. A concentration effect on zooplankton abundance was recorded with drought progression, but without significant modifications in species richness and diversity. When the river inundation pulse occurred, a reduction in total zooplankton density was observed due to the dilution effect and a significant increase in species richness and diversity was recorded. Lateral water influx from the river to the lacustrine environment acts as a temporary disturbance factor on the zooplankton community structure. Zooplankton species composition presented some modifications between the two periods. Zooplankton organism drift in water from the river to the lake, removal of individuals from the aquatic macrophytes, and eclosion of resting eggs from sediment are probable factors that can increase zooplankton species richness immediately after lateral pulse inundation with water by the river.Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)