Los paisajes naturales se encuentran bajo presión constante de factores antropogénicos que generan fragmentación y esto afecta el movimiento natural de las especies y su comportamiento. Es necesario evaluar la condición de los paisajes y así proponer planes de acción. El Corredor Biológico La Unión presenta gran riqueza natural y actualmente es objeto de un proyecto de conservación de la biodiversidad apoyado por la Agencia de Cooperación Internacional de Japón (JICA). Este corredor carecía de un análisis de fragmentación, por lo que en este estudio se evaluó el estado del subcorredor propuesto por JICA y la conectividad de su paisaje por medio de diferentes métricas de Fragstats®. Además, se identificaron las causas y efectos de la fragmentación, así como prácticas de manejo del paisaje por medio de talleres participativos. La agricultura cuenta con una elevada densidad de parches, siendo esta categoría la principal causa de la fragmentación. Entre las diferentes herramientas de manejo de paisaje identificadas por los actores claves están los sistemas agroforestales de café bajo sombra y silvopastoriles. Para el establecimiento de estos, se elaboró el diseño y presupuesto con base en una hectárea. La implementación de estos sistemas a futuro podría resultar en la conservación de cobertura vegetal y la preservación de especies en el corredor.