La enfermedad inflamatoria intestinal (IBD) es una alteración inflamatoria de las mucosas capaz de generar cronicidad en un individuo. Los alimentos funcionales promueven la salud intestinal, entre ellos, el suero de queso. Los compuestos bioactivos en el suero incluyen proteínas y galacto-oligosacáridos (GOS) conocido por sus efectos benéficos para la salud intestinal. El objetivo consistió en evaluar el efecto de los compuestos bioactivos de la proteína de suero de queso, dentro de ellos, proteína aislada de suero (WPI), proteína aislada de suero enriquecida con galacto-oligosacaridos (WPI-GOS), y glicomacropéptidos (GMP) en la modulación del microbioma intestinal en sujetos con IBD in vitro. El tipo de estudio fue descriptivo exploratorio. GMP, WPI y WPI-GOS se incubaron con enzimas digestivas, pepsina y pancreatina, para simular la digestión gástrica a 37 °C. Para la fermentación fecal in vitro las muestras fecales de donantes con IBD se incubaron con componentes de suero de queso después de la digestión in vitro (IVD) durante 24 h. La abundancia relativa de bacterias fecales se analizó mediante la reacción en cadena de la polimerasa (q-PCR) y la producción de ROS se analizó mediante el ensayo de diclorofluoresceína diacetato (DCFH-DA). Los compuestos bioactivos derivados del suero de queso modulan el crecimiento bacteriano en heces de individuos con IBD in vitro, sin embargo, no tienen efecto significativo en la producción de ROS.