Para la gestión sostenible del agua subterránea se requiere la delimitación de sus zonas de recarga y descarga. Por esta razón se buscó identificar estas zonas en la subcuenca Yeguare, ubicada entre los departamentos de Francisco Morazán y El Paraíso. Para esto se usó como base la Teoría de los Sistemas de Flujo (TSF) ya que considera la influencia del ambiente hidrogeológico en el movimiento del agua subterránea. Se trabajó con 5 capas temáticas: litología, relieve, suelo, cobertura y uso del suelo, e Índice Topográfico de Humedad (ITH), cada una con sus respectivos indicadores. Tanto las capas como sus indicadores fueron estandarizados para ser posible su integración mediante la Combinación Lineal Ponderada (CLP). Todas las capas fueron procesadas en los programas de ArcMap®, QGIS®, y SAGA GIS®. El mapa final permitió conocer la ubicación de 5 zonas potencial de recarga del agua subterránea. Las zonas con un potencial muy alto (1.1%) y alto (33.7%) se encuentran principalmente en el municipio de Santa Lucía y en la parte alta A de la subcuenca Yeguare. Las zonas con un potencial medio (49.9%) se ubican en su mayoría en los municipios de Güinope y Oropolí, y en la parte alta B y media de la subcuenca. Finalmente, las zonas con un potencial bajo (17%) y muy bajo (1.2%) predominan en los municipios de Villa de San Francisco y Morocelí, y en la parte baja de la subcuenca.