O presente trabalho descreve modelos moleculares para os complexos binários CDK9, CDK5 e CDK1 complexados com Flavopiridol e Roscovitina. Esses modelos estruturais indicam que os inibidores ligam-se fortemente ao sítio de ligação de ATP das CDKs e comparações estruturais dos complexos CDK2-Flavopiridol e CDK2-Roscovitina relacionam diferenças estruturais com diferenças na inibição dessas CDKs por esses inibidores. Essas estruturas abrem a possibilidade de testar novas famílias de inibidores, em adição aos novos substituintes para as estruturas já conhecidas, tais como flavonas e derivados de adenina.The present work describes molecular models for the binary complexes CDK9, CDK5 and CDK1 complexed with Flavopiridol and Roscovitine. These structural models indicate that the inhibitors strongly bind to the ATP-binding pocket of CDKs and the structural comparison with the complexes CDK2:Flavopiridol and CDK2:Roscovitine correlates the structural differences with differences in inhibition of these CDKs by the inhibitors. These structures open the possibility of testing new inhibitor families, in addition to new substituents for the already known lead structures such as flavones and adenine derivatives.Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)